GKI di Tanah Papua berdiri pada 26 Oktober 1956 sebagai hasil pekabaran Injil yang dimulai oleh Ottow dan Geissler pada 5 Februari 1865. Sejak awal berdirinya, GKI di Tanah Papua adalah suatu gereja yang bersifat oikumenis, dan bukan gereja suku. Oleh karena itu, anggota-anggota jemaat GKI berasal dari orang Papua sendiri dan orang-orang bukan Papua dari berbagai suku dan bangsa serta dari berbagai latarbelakang keanggotaan gereja. Oleh pemberitaan Injil, peradaban baru Papua dimulai dan terus berlangsung sampai sekarang ini.